Η κατασκευή του κτηρίου του Νέου Μουσείου της Νικόπολης ολοκληρώθηκε το 2006. Το καλοκαίρι του 2009, στο πλαίσιο του έργου «Εξοπλισμός-Έκθεση Νέου Μουσείου Νικόπολης», που χρηματοδοτήθηκε από το ΠΕΠ Ηπείρου του Γ΄ Κοινοτικού Πλαισίου Στήριξης, ολοκληρώθηκε η έκθεση των αρχαιοτήτων στο νέο Μουσείο.
Το Μουσείο είναι αφιερωμένο αποκλειστικά στην πόλη που ιδρύθηκε σε ανάμνηση της νίκης του Οκταβιανού Αυγούστου στη ναυμαχία του Ακτίου, το 31 π.Χ., γεγονός που έπαιξε καθοριστικό ρόλο στη διαμόρφωση της κεντρικής ιδέας της μόνιμης έκθεσής του με τίτλο Μία Ναυμαχία – Μία Πόλη – Μία Αυτοκρατορία. Η νίκη του Οκταβιανού στο Άκτιο υπήρξε όχι μόνο το έναυσμα για την ίδρυση της Νικόπολης, αλλά επηρέασε καθοριστικά τη μορφή της Ρωμαϊκής Αυτοκρατορίας και την πορεία της ιστορίας.
Στο Μουσείο παρουσιάζεται η ιδιαίτερα σημαντική θέση της Νικόπολης στο πλαίσιο της Ρωμαϊκής και Βυζαντινής Αυτοκρατορίας αλλά και ο ρόλος της ανάμεσα σε δύο πρωτεύουσες, τη Ρώμη και την Κωνσταντινούπολη. Προβάλλεται αφενός η μεγαλοπρεπής ρωμαϊκή Νικόπολη, η πόλη-σύμβολο μιας μεγαλειώδους νίκης, που ιδρύθηκε για να επιδείξει την ισχύ του Οκταβιανού Αυγούστου, του πρώτου Ρωμαίου Αυτοκράτορα, μια ρωμαϊκή πόλη κατοικημένη από Έλληνες που σύντομα αναπτύσσεται σε ένα επιβλητικό κέντρο στο πλαίσιο της Pax Romana. Παρουσιάζεται αφετέρου η παλαιοχριστιανική πόλη, η οποία μετά την κατάρρευση των δυτικών συνόρων, τη μεταφορά της πρωτεύουσας της αυτοκρατορίας από τη Δύση στην Ανατολή και την επικράτηση του Χριστιανισμού, ανασυντάσσεται και ανακτά το μεγαλοπρεπή χαρακτήρα της, αποτελώντας καίριο θρησκευτικό και διοικητικό κέντρο, για να εγκαταλειφθεί τελικά τον 10ο-11ο αιώνα μ.Χ.
Η πορεία του επισκέπτη ακολουθεί τον Διάδρομο Α όπου ένα χρονολόγιο ενημερώνει τον επισκέπτη για τα κυριότερα γεγονότα που προηγήθηκαν της ίδρυσης της πόλης. Στην πρώτη αίθουσα με τίτλο Η γένεση και η πορεία της πόλης παρουσιάζεται η ναυμαχία και στη συνέχεια η εξέλιξη της πόλης έως τη σταδιακή παρακμή και εγκατάλειψή της. Στη δεύτερη αίθουσα με τίτλο Η ζωή στην πόλη παρουσιάζονται οι παράγοντες που συνετέλεσαν στη δημιουργία ενός ισχυρού οικονομικού και εμπορικού κέντρου, ενώ προβάλλονται και διάφορες πτυχές του ιδιωτικού βίου των Νικοπολιτών. Τρεις διαδοχικοί διάδρομοι φιλοξενούν εποπτικό υλικό για τη σχέση της πόλης με άλλα κέντρα του ρωμαϊκού κόσμου, για την τύχη της πόλης μετά την εγκατάλειψή της αλλά και την «ανακάλυψή» της από τους σύγχρονους περιηγητές, και την ανασκαφική έρευνα, τη συντήρηση και ανάδειξη των μνημείων της Νικόπολης από τις αρχές του 20ού αιώνα έως σήμερα.
