Η Νοτιοανατολική Νεκρόπολη αρχίζει από τη Νοτιοανατολική Πύλη και αναπτύσσεται εκατέρωθεν της οδού, που κατέληγε στο νότιο λιμάνι, στο Βαθύ. Περιλαμβάνει, όπως και οι άλλες νεκροπόλεις, συστάδες τάφων και μνημειακά ταφικά κτίρια, ορισμένα από τα οποία παρέμειναν διαχρονικά ορατά και σημειώνονται στο σκαρίφημα του Άγγλου θεολόγου και περιηγητή Thomas Smart Hughes που επισκέφθηκε τη Νικόπολη το 1813. Η νεκρόπολη ήταν σε χρήση από τον 1ο έως και τον 3ο αι. μ.Χ.. Δυτικά της ταφικής οδού βρίσκεται ένα μοναδικό για τη Νικόπολη και την Ελλάδα ταφικό μνημείο (Μαυσωλείο 6). Αποτελείται από υψηλό, τετράπλευρο πόδιο και κυλινδρική ανωδομή. Μονόφυλλη θύρα, το ασβεστολιθικό κατώφλι της οποίας παραμένει στη θέση του στη δυτική πλευρά, οδηγούσε μέσω στενού, καμαροσκεπούς διαδρόμου σε τρίπλευρο θάλαμο με θολωτή κάλυψη. Ο ανατολικός τοίχος του θαλάμου διαθέτει μία μεγάλη ορθογώνια κόγχη, πλαισιωμένη από δύο μικρότερες και έναν φεγγίτη. Ανά μια μικρή κόγχη υπάρχει επίσης στον βόρειο και τον νότιο τοίχο. Το δάπεδο του θαλάμου και του διαδρόμου έχει στρωθεί με συμπαγές ερυθρό κονίαμα, ενώ η όψη των τοίχων τους έχει κατασκευασθεί από μικρούς κυβόλιθους (opus reticulatum), επιχρισμένους με κονίαμα. Χρονολογείται στον 1ο αι. μ.Χ.
Αρκετά μέτρα νοτιότερα βρίσκεται ένα από τα επιβλητικότερα μαυσωλεία της Νικόπολης (Μαυσωλείο 12). Ανήκει στην κατηγορία των θαλαμωτών μαυσωλείων και αποτελείται από έναν τετράγωνο, περίπου, θάλαμο με θολωτή κάλυψη και είσοδο στο μέσον της δυτικής του πλευράς. Στους άλλους τρεις τοίχους διαμορφώνονται μεγάλες κόγχες (arcosolia) για την τοποθέτηση σαρκοφάγων, πλαισιωμένες με μικρότερες, διακοσμητικές κόγχες. Οι τοίχοι του είναι κατασκευασμένοι από χυτό λιθόδεμα στον πυρήνα και πλίνθους επιχρισμένες με κονίαμα στις όψεις. Το εσωτερικό του έχει συληθεί κατά το παρελθόν. Με βάση την αρχιτεκτονική του μορφή χρονολογείται στα μέσα του 2ου αι. μ.Χ.
Νότια του δυτικού ημικυκλικού πύργου της πύλης, η αρχαιολογική σκαπάνη αποκάλυψε ταφικό περίβολο, ο οποίος διατηρείται σε αξιόλογο ύψος και περικλείει δύο θαλαμωτά μαυσωλεία. Ο περίβολος είναι κτισμένος κατά το μεικτό δομικό σύστημα και ενισχύεται εξωτερικά, στη δυτική και νότια πλευρά του, από δύο και τρεις αντηρίδες αντιστοίχως. Το Μαυσωλείο 1, με είσοδο μάλλον ανατολικά, όπου διαμορφώνεται δίβαθμη κλίμακα από συμπαγές κονίαμα, είχε ψηφιδωτό δάπεδο από λευκές ψηφίδες, χωρίς σχέδια, περιμετρικά του οποίου εδράζονταν σαρκοφάγοι. Στα νότια, το ομότοιχο Μαυσωλείο 2 αποτελείται από μία ορθογώνια αίθουσα με δάπεδο στρωμένο με ορθογώνιες κεράμους. Στη θέση της διατηρείται μία από τις σαρκοφάγους του τύπου της Άσσου.
Στα νότια του ανατολικού πύργου και του τείχους εντοπίστηκαν τρία επί πλέον θαλαμωτά μαυσωλεία. Ανάμεσα στα μαυσωλεία, και σε επαφή με το τείχος, ερευνήθηκαν εξήντα περίπου τάφοι (κιβωτιόσχημοι, κεραμοσκεπείς και θήκες), οι περισσότεροι από τους οποίους βρέθηκαν συλημένοι. Οι τάφοι και τα μαυσωλεία εκατέρωθεν της πύλης προσαρμόζονται στην πορεία του τείχους.
